Немало крови мне попортила эта проблема, прежде чем я понял в чем дело.
Если мы "дизайним", например, форму, а затем запускаем ее (Ctrl+F9) со включенным дебаггером, то:
1. "Брейкпоинты", установленные в режиме дизайна не будут видны;
2. При попытке поставить новый "брейкпоинт" рухнет Навижн
Эти проблемы возникают при редактировании любых объектов, кроме таблицы (из режима дизайна ее нельзя запустить в run-time).
Чтобы избежать подобных ситуаций, нужно сначала установить брейкпоинты, затем закрыть объект и только после этого запустить его снова
Моя версия - Нав хранит информацию о "брейкпоинтах" в ZUP-файле, а при выполнении описанного выше сценария возникает конфликт совместного доступа.